石柱是卑南遺址地表上最顯著的地標。這種板岩質地的立柱，目前在卑南遺址只剩火車站旁的「月形石柱」一支，但根據日據時代的文獻記載，在卑南遺址上曾經存在上百支的板岩石柱，但隨著農地的開發，這些石柱就逐一地被打斷或推倒，包括位在「王宅」後方，曾為日本學者紀錄過的最大石柱也在日據結束後被推倒。1980年台灣大學開始進行搶救考古發掘時，卑南遺址地表上可見的板岩石柱就只剩下3支，包括現在的月形石柱、位在王宅東側約50公尺更生路596巷旁的短石柱，以及位在月形石柱西北方約150公尺檳榔園田埂上的破碎石柱。可惜後兩支石柱也都被無聲無息地推倒了。
卑南遺址的石柱到底屬何種功能是卑南遺址最常被提出的問題之一，但截至目前並沒有明確的答案。根據考古發掘的結果，石柱會出現在家屋結構之中，但都殘斷只剩根部不支其實際的高度，因此無法判斷它確切的功能。由於大部分石柱頂端都出現圓孔，月形石柱頂端尚未破裂前應也是一個人為的圓孔，因此有些研究者推測石柱就是卑南古聚落家屋的柱子，但目前的考古發掘結果並未發現石柱符合當作家屋柱子的條件。換言之，石柱的功能目前仍是個謎。根據文獻資料，卑南遺址石柱的形制大小並不一致，最大型的石柱高出地表約4.55公尺，寬約2公尺。最短的凸出地表約1.8公尺，寬約90公分。目前展示場內的這根石柱是最高石柱的仿製品，根據其體積判斷，這石柱的重量當超過10公噸，令人無法想像在無交通設施的史前時代，卑南遺址人群如何將此龐然大物從中央山脈運到遺址上，更何況還有數以百計的其他石柱。