卑南遺址的史前文化大部分屬於新石器時代，所以這遺址大部分時間都處於使用石頭製作工具的階段，就算進入鐵器時代的三和文化階段，生活中仍大量使用石質的工具。卑南遺址地處海岸山脈與花東縱谷末端的交會點，因此遺址中出土的石器材質包含了來自海岸山脈及中央山脈的資源。來自海岸山脈的石材包括變質砂岩、變質基性岩（西瓜石）、砂岩及凝灰岩等。變質砂岩在花東海岸普遍被當作打製石斧及石錘的材料。變質基性岩是製作石錛的重要材料，從新石器時代中期的富山文化就開始大量製作，並一直持續到三和文化早期都仍在使用，這類器物廣泛的分布在台灣各地史前遺址，卑南遺址其中的主要分布區。砂岩在卑南遺址主要被當作砥石，凝灰岩則是製作石臼與單石的材料。
中央山脈屬於變質岩區，石材的主要特徵是多成片狀。常被使用的材料包括板岩、片岩、片狀砂岩、千枚岩及閃玉等。板岩是被廣泛使用的材料，包括箭頭、矛頭、石刀、石鐮、石板棺、石針、網墜等器物都會使用這材質。片岩及片狀砂岩多被用來製作大型石器，如石柱、單石、石輪等。也會被當作砥石、打製石斧的材料，千枚岩是製作石杵的主要材料，閃玉從新石器時代中期開始被重視，被史前人廣泛的用來製作錛、鑿、矛、鏃等工具及環、玦、項鍊及墜飾裝飾品，卑南遺址也是這類器物的集散地。