卑南遺址所在的位置是卑南大溪右岸的河口扇階。遺址就位在地質鬆軟的檳榔四格山（又稱卑南山）山麓，因為地殼上升以及卑南大溪不斷的侵蝕與氾濫等因素，在卑南山東麓產生一連串的河階，卑南遺址就出現在這依山傍水的河階地形上。
卑南遺址所在環境有幾項特點，其一、位在平原與山區的交會處，東側是卑南大溪，有寬廣的溪谷可通花東縱谷以及海岸。南側是寬闊的台東平原，可輕鬆的瞭望。西側是有豐沛水源的卑南山，更西側是蘊藏無限資源的中央山脈。位置有險可守，也有方便的交通路線，更有進行狩獵、採集、耕作等生業活動的環境。其二、出土遺物包含大坌坑文化及富山文化等具海岸特性的文化，但遺址位置明顯偏內陸山區，顯現出這人群積極往內陸發展的取向。其三、遺址在接近卑南山麓的區域明顯被來自卑南山的土石流所覆蓋，位在王宅東側、南側的平地則有洪水氾濫的現象，因此月形石柱周圍的聚落核心區的形成應該有其環境背景因素。