石板棺墓葬是卑南遺址主要的出土現象之一。考古學家從卑南遺址發掘出土的墓葬約1600座，其中99%以上都是石板棺墓葬，非石板棺墓葬只有零星幾座。在卑南遺址使用石板棺墓葬的時間大約從5000年前延續到2300年前。出土的石板棺都使用中央山脈的板岩製成。當時人群把採集到的石板打剝成厚度約3公分上下的各種尺寸長方形石板，然後依死者的身形在埋葬地點拼湊成長方形的石板棺。由於卑南遺址的人群都採頭朝南的仰身直肢葬勢，所以大部分的石板棺都有南端比較寬的特徵，只有少數大型的複體葬棺及特殊型制棺例外。
卑南遺址的石板棺棺身結構總共出現4種類型，其中將近9成是被稱為「卑南型」的石板棺。這種以東西兩長軸側板夾南北短軸側板的石板棺結構形式，在卑南遺址流行了2千多年少有變化，只在棺板構造上出現早晚期的變異。其早期墓葬形式比較講究，可能會要求每一面棺板都只使用一片石板，所以出現一定比例棺身蓋板、四面側板及底板都由1片石板構成的石板棺。但晚期的棺板結構出現明顯的變化，包括棺身的南北側板、蓋板及底板都改為使用2片板（甚至2片以上）組合的形式，而這種形式就成為卑南遺址最常見的石板棺形式。
卑南遺址的石板棺的另一項重要特徵是墓葬會群聚呈帶狀，且絕大多數的石板棺都以北偏東20ﾟ左右的方向埋葬。形成這種現象的主要原因是卑南遺址的史前聚落會在住家後面設置埋葬區所造成。這埋葬區應該是一道溝槽，其方向與住屋結構相同，都呈北偏東方向，且北方正好朝著都蘭山，所以埋葬在墓葬區的石板棺也都自然形成朝都蘭山的帶狀墓葬群。又卑南遺址從新石器時代早期就開始使用這種方式埋葬死者，並持續到新石器時代晚期，因為埋葬時間長久，造成墓葬帶裡石板棺層層重疊的現象。這點正好也證明卑南遺址應是同一族群長期住居繁衍的史前聚落。