台灣光復後，國民政府決定執行自日據時代就在規劃的屏東至台東橫貫鐵路興建計畫，於是在1947年至1976年間進行5次路線勘查，最後決定把南迴鐵路設置在枋寮—大武—台東之間，並決定把台東車站從台東市區遷移到卑南溪右岸的南王部落附近，與南迴鐵路總機廠合併。新台東車站位在總機廠的南端，西南距南王部落約500m，用地範圍共73,584m²。由於車站用地範圍包含了卑南大溪第二及第三兩個河階地，而這兩個階間高差約10m，因此鐵路工程決定把高出的第三河階剷至第二河階面的高度。很不幸的這個預定剷掉的第三河階地正好是卑南遺址的核心位置。
卑南遺址被規劃在台東車站範圍的面積約41,000m²，其形狀呈三角形，東側界線是卑南大溪第三河階的崖線，南側界線是目前的文昌路，西側界線至目前的國定遺址邊緣。在遺址範圍內地表高程從60m下降至40m左右，遺址的文化層分布最深在地表下約4m以下，文化層內包含卑南古聚落結構遺留、生活遺物堆積層及石板棺墓葬群。根據台大考古隊記錄到的墓葬群估計，在被剷掉的遺址範圍內至少包含10個住屋結構群，約3000座石板棺墓葬。卑南遺址的精華區恐怕在這次車站興建過程已被剷掉大半，而這項估計還未將文昌路以南約12,000m²被剷掉的遺址統計在內。